Recherche bibliographique dans la lecture scientifique

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La capacité à repérer les informations conservées dans les banques de données de la littérature scientifique constitue un aspect fondamental non seulement pour les chercheurs mais aussi pour les professionnels et les étudiants, tant et si bien qu’il existe d’innombrables vade-mecum, cours et articles sur le sujet (presque toutes les institutions universitaires proposent des conseils, des guides ou des manuels pour l’utilisation de PubMed comme l’Université des Études de Padoue, l’Université de Milan).

Il est effectivement évident que la vie d’un patient peut dépendre de la mise à jour d’un médecin sur les études les plus récentes de sa spécialité. Par ailleurs, une recherche bibliographique rigoureuse est non seulement indispensable aux chercheurs qui doivent connaître l’état du membre avant de concevoir une nouvelle étude afin d’éviter les doublons et le gaspillage des ressources, mais c’est aussi la condition sine qua non pour la conduite des revues systématiques, qui influencent le développement des recommandations  et donc les soins octroyés par les systèmes de santé.

Le corpus des articles et des documents contenant les publications scientifiques est appelé littérature. De manière conventionnelle, on définit la littérature blanche l’ensemble des textes imprimés sur livres, revues, journaux librement accessibles à tous. On oppose à la littérature blanche la fameuse littérature grise,¹ représentée par des informations produites par d’autres canaux que ceux commerciaux traditionnels, qui comprend par exemple relations, thèses de fin d’étude, actes de congrès, séminaires, tables rondes, bulletins, études expérimentales enregistrées, brevets.

Les divers types d’études indexées dans la littérature sont de surcroît caractérisés par des conceptions ou modèles différents, auxquels on attribue un niveau de qualité croissant en fonction de la pyramide des preuves, qui fournit une hiérarchie des études en fonction de leur rigueur méthodologique. Par exemple, les études observationnelles sont considérées comme étant de moindre qualité par rapport aux essais contrôlés randomisés (ECR).

Les études sont également classées comme littérature primaire, comprenant toutes les publications non filtrées, soit des cas uniques, alors qu’elles sont appelées littérature secondaire, lorsqu’il s’agit d’études de synthèse qui évaluent de façon critique et résument les résultats des études primaires, comme par exemple les revues systématiques. Ce type d’étude est retenu comme le plus fiable et se situe au sommet de la pyramide.

Les articles publiés sur les revues sont rassemblés dans différentes bases de données, qui les indexent et permettent de faire des recherches bibliographiques en utilisant des mots-clés. La plus connue est MEDLINE, un moteur de recherche dans le domaine biomédical, gratuit pour tous les utilisateurs d’internet et mis à jour toutes les semaines, qui contient plus de 20 millions de citations bibliographiques et est mis à disposition par la National Library of Medicine américaine. Parmi les autres banques de données, dont certaines comportent un accès réservé, on citera Embase pour la littérature pharmaceutique et biomédicale, CINAHL destinée aux infirmières et aux autres professions de la santé, aux étudiants, aux formateurs et aux chercheurs, la Cochrane Library qui sous-divise les études en différentes bases de données (par exemple CDSR qui regroupe les revues systématiques complétées par la Cochrane et les protocoles de celles en cours ; DARE qui contient plus de cinq milles résumés structurés et citations de revues systématiques non produites par la Cochrane ; CCTR/CENRAL qui récolte les essais cliniques contrôlés repérés aussi dans diverses sources de Medline, Embase et autres plateformes) ; Google scholar qui permet d’effectuer facilement et instantanément des recherches en toute langue mais restitue des résultats plus larges, parfois négligeables ou non pertinents, provenant de sources hétérogènes.

La littérature grise est plus difficile à repérer : par exemple, pour les études cliniques enregistrées on peut consulter le site  ClinicalTrial.gov et la plateforme de l’OMS ICTRP (International Clinical Trials Registry Platform), pour les thèses de fin d’études le site NDLTD (Networked Digital Library of Theses and Dissertations).

Tous les moteurs de recherche permettent de filtrer les résultats de façon plus ou moins sophistiquée et pour lesquels il est possible d’imposer, par exemple, uniquement l’affichage des articles publiés dans une période de temps spécifique, ou seulement ceux liés à un certain type d’étude, ou ceux disponibles gratuitement, ou tous ceux écrits par un auteur particulier, etc.

Pour lancer une question de base, il suffit de taper un ou plusieurs mots-clés dans la barre de recherche et on obtient des informations générales pouvant être par la suite élaguées. Les professionnels, toutefois, doivent concevoir des stratégies pour formuler des questions spécifiques, aussi en fonction de l’objectif qu’ils poursuivent (un chirurgien pourrait avoir besoin de consulter la revue systématique la plus récente pour décider d’amputer ou non un membre d’un patient, tandis que l’équipe engagée dans la recherche ou dans la rédaction d’études secondaires telles que les revues systématiques et les méta-analyses doit s’assurer de recueillir, dans la mesure du possible, tout le matériel disponible).

Les études que l’on extrait de la littérature à l’aide des moteurs de recherches ne sont pas homogènes en ce qui concerne le niveau de qualité et la rigueur scientifique, il est donc  nécessaire d’acquérir la compétence de les examiner en réalisant une évaluation critique des résultats de la recherche.

Quand on souhaite débuter une recherche visant à obtenir des études qui peuvent répondre à une question spécifique, il est utile de rappeler les éléments de l’acronyme PICO², où :

• P indique le patient, la population ou le problème à résoudre (patient/population/problem) ;
• I indique l’intervention (intervention) ;
• C indique la comparaison (comparison) ;
• O indique l’issue (outcome)

Les termes de la recherche peuvent être transférés directement dans la question en les intégrant aux praticiens booléens, par exemple, si la question est : «Vaut-il mieux user du paracétamol ou de l’ibuprofène pour soulager la fièvre chez l’enfant ? », alors dans la barre de recherche P correspondrait aux enfants atteints de fièvre, I à paracétamol, C à comparaison, O à baisse de la fièvre³.

La quantité des résultats fournis par le moteur de recherche peut être davantage filtrée en ajoutant à la question spécifique d’autres mots-clés en fonction des réponses que l’on cherche, comme :

• Thérapie/traitement/intervention,
• Diagnostic,
• Pronostic,
• Étiologie/risque.

Au cours des années, le format PICO a été encore plus affiné, donnant naissance à des techniques pour poser des questions plus spécialisées et définies par les formats PICOS, PICOT, PICOC (qui ajoutent respectivement à la recherche les variables « S » – design de l’étude, « T » – période, « C » – contexte) et EPICOT +, PIPOH, PECODR.⁴

Le format PICO est utile pour repérer les études quantitatives, mais quiconque devrait recueillir et exprimer un jugement critique sur les articles de type qualitatif  pourrait trouver plus efficace de se prévaloir de formats différents tels que SPIDER ou SPICE^5,6. Tous ces formats cherchent à identifier les caractéristiques fondamentales de la barre de recherche nécessaire afin de formuler une question apte à mobiliser les articles de la recherche qualitative. Le premier prend en considération l’échantillon (Sample, S), les phénomènes (Phenomena, Pi), la conception (Design, D), l’évaluation (Evaluation, E) et la recherche (Research, R) alors que le second considère le cadre (Setting, S), la population (Population, P), l’intervention (Intervention, I) la comparaison (Comparison, C) et l’évaluation (Evaluation, E).

Une attention particulière est portée aux techniques de recherche bibliographique destinées à extraire des bases de données la littérature nécessaire pour développer les revues systématiques, à partir du moment où ce type d’étude peut engendrer de sérieuses répercussions sur l’ensemble du secteur de la Clinical Governance ou Gouvernance Clinique.

A titre indicatif, on vous renvoie par exemple à un article de 2018 qui identifie dans le processus de recherche dans la littérature comme un facteur d’importance cruciale pour la réalisation de revues systématiques, faisant état de l’existence de neuf guides pour l’approche conventionnelle de ce type de recherche, unis par huit étapes fondamentales⁷.

On citera également les recommandations PRESS qui contiennent une checklist adressée aux réviseurs (peer reviewer) chargés d’évaluer ou valider les chaînes adoptées par les auteurs d’une revue systématique quand ils ont effectué la recherche d’articles, dans le but de mettre en évidence les erreurs éventuelles⁸.

Les PRISMA-S⁹ (une extension de recommandations PRISMA, qui dictent les critères pour le reporting des revues systématiques et des méta-analyses) ont été développées spécifiquement pour assurer une transparence et reproductibilité maximales des recherches entreprises pour recueillir les études sur lesquelles effectuer la revue systématique. Les PRISMA-S contiennent une checklist de 16 éléments accompagnés d’explications et d’exemples – le point 8 préconise aux chercheurs de rapporter avec précision dans leur article les chaînes de recherche utilisées, en les copiant et collant dans le texte exactement comme ils les ont entrées.

Quant aux revues systématiques qualitatives, une équipe de chercheurs examine les méthodes de recherche utilisées dans 43 études différentes en notant de considérables variations et en espérant l’adoption d’un standard homogène. A telle fin, ils proposent les recommandations STARLITE¹⁰.

Bibliographie

1. Ferroni E. Parola chiave: Letteratura grigia, CARE 3, 2014: 32-33.
2. Richardson WS, Wilson MC, Nishikawa J, Hayward RS. The well-built clinical question: a key to evidence-based decisions. ACP J Club. 1995 Nov-Dec;123(3):A12-3.
3. Caldwell PH, Bennett T, Mellis C. Easy guide to searching for evidence for the busy clinician. J Paediatr Child Health. 2012 Dec;48(12):1095-100.
4. Lazzari, G., Salvini, L., Patella, S., Ausili, D., & Di Mauro, S. La strutturazione del quesito clinico per reperire le prove di efficacia: una revisione della letteratura. L’infermiere, 6 (2015).
5. Methley AM, Campbell S, Chew-Graham C, McNally R, Cheraghi-Sohi S. PICO, PICOS and SPIDER: a comparison study of specificity and sensitivity in three search tools for qualitative systematic reviews. BMC Health Serv Res. 2014 Nov 21;14:579.
6. Rehman, Y. (2021). Difference between Quantitative and Qualitative Research Question-PICO vs. SPIDER. American Scientific Research Journal for Engineering, Technology, and Sciences (ASRJETS), 77(1), 188-199.
7. Cooper C, Booth A, Varley-Campbell J, Britten N, Garside R. Defining the process to literature searching in systematic reviews: a literature review of guidance and supporting studies. BMC Med Res Methodol. 2018 Aug 14;18(1):85
8. McGowan J, Sampson M, Salzwedel DM, Cogo E, Foerster V, Lefebvre C. PRESS Peer Review of Electronic Search Strategies: 2015 Guideline Statement. J Clin Epidemiol. 2016 Jul;75:40-6.
9. Rethlefsen ML, Kirtley S, Waffenschmidt S, Ayala AP, Moher D, Page MJ, Koffel JB; PRISMA-S Group. PRISMA-S: an extension to the PRISMA Statement for Reporting Literature Searches in Systematic Reviews. Syst Rev. 2021 Jan 26;10(1):39.
10. Booth A. « Brimful of STARLITE »: toward standards for reporting literature searches. J Med Libr Assoc. 2006 Oct;94(4):421-9, e205.